Der Auszeichnung liegt ein mehrstufiges Auswahlverfahren zugrunde. Dieses basiert in einem ersten Schritt auf einer indikatorengestützten Vorauswahl von Hochschulen mit einer im Vergleich zu den anderen Hochschulen besonders positiven Entwicklungsdynamik. Daran schließt in einem zweiten Schritt eine Befragung der Hochschulleitungen der im Zuge der Vorauswahl identifizierten Hochschulen an. Zusätzlich werden in diesem zweiten Schritt Peers der Hochschulleitungen befragt, dies sind die jeweiligen Hochschulratsvorsitzenden und die Prorektor*innen bzw. die Vizepräsident*innen sowie in ausgewählten Jahren zudem die Kanzler*innen bzw. Vizepräsident*innen für Verwaltung. Unter Berücksichtigung aller Ergebnisse bestimmt in einem dritten und letzten Schritt eine Jury aus anerkannten Expert*innen eine Gruppe von fünf bis sechs Finalist*innen für die bzw. den „Hochschulmanager*in des Jahres“ und darunter auch den/die Preisträger*in.

Seit 2013 wird die Auszeichnung gemeinsam von der Wochenzeitung DIE ZEIT und dem CHE Centrum für Hochschulentwicklung vergeben. Von 2008 bis 2012 war die Financial Times Deutschland (FTD) Kooperationspartner des CHE bei der Vergabe der Auszeichnung.